L'organo di indirizzo politico amministrativo dell'Istituto e di verifica dell'azine amministrativa e gestionale dell'Azienda è il Consiglio di Amministrazione.
Esso è composto di cinque membri di nomina pubblica:
- un rappresentante della Regione Autonoma della Sardegna;
- un rappresentante del Comune di Cagliari;
- un rappresentante del comune di Nuoro;
- un rappresentante del comune di Oristano;
- un rappresentante del Comune di Sassari.
A seguito di gravi irregolarità contabili e amministrative, l'Assessore alla Sanità della Regione Autonoma della Sardegna, il 22 novembre 2017 ha sciolto il Consiglio di Amministrazione dell'Istituto e nominato un Commissario Straordinario al fine di risolvere le criticità riscontrate.
Allo stato attuale l'Istituto è ancora sottoposto a gestione commissariale:
dal 1 febbraio 2020 l'Ente è amministrato dal dott. Maurizio Porcelli, al quale è stato affidato il compito di completare l'azione di risanamento dell'Ente. Delibera del 20 gennaio 2022, n. 2/32