L'organo di indirizzo politico amministrativo dell'Istituto e di verifica dell'azine amministrativa e gestionale dell'Azienda è il Consiglio di Amministrazione.
Esso è composto di cinque membri di nomina pubblica:
- un rappresentante della Regione Autonoma della Sardegna;
- un rappresentante del Comune di Cagliari;
- un rappresentante del comune di Nuoro;
- un rappresentante del comune di Oristano;
- un rappresentante del Comune di Sassari.
A seguito di gravi irregolarità contabili e amministrative, l'Assessore alla Sanità della Regione Autonoma della Sardegna, il 22 novembre 2017 ha sciolto il Consiglio di Amministrazione dell'Istituto e nominato un Commissario Straordinario al fine di risolvere le criticità riscontrate.
Allo stato attuale l'Istituto è ancora sottoposto a gestione commissariale:
dalla Seduta Regionale del 16.02.2023 l'Ente è amministrato dal Dott Maurizio Porcelli, al quale è stato affidato il compito di completare l'azione di risanamento dell'Ente.
Di seguito si riportano le delibere della Giunta regionale della Sardegna di nomina, le dichiarazioni di insussistenza di cause di inconferibilità dell'incarico e di incompatibilità con lo stesso; il suo curriculum vitae e le dichiarazioni reddittuali.
https://delibere.regione.sardegna.it/protected/63994/0/def/ref/DBR63957/