Ai sensi dello statuto, il direttore è nominato dal consiglio di amministrazione dell’Azienda tra i soggetti in possesso di laurea, con esclusione di laurea triennale, e che abbiano competenze giuridico-amministrative o che abbiano maturato rilevanti esperienze in tema di gestione e direzione amministrativa di enti, aziende e associazioni pubbliche e private operanti nel campo di azione dell’azienda. Il rapporto di lavoro è regolato da un contratto di diritto privato di durata non superiore a quella del consiglio di amministrazione e non deve comunque superare il mandato dello stesso consiglio. L’incarico è a tempo pieno ed è incompatibile con qualsiasi altro lavoro dipendente o autonomo.
Il direttore è responsabile della gestione tecnica, finanziaria e amministrativa dell’Azienda, risponde del raggiungimento degli obiettivi programmati dal consiglio di amministrazione e della loro realizzazione.
Allo stato attuale l'Istituto è ancora sottoposto a gestione commissariale:
dal 1 febbraio 2020 l'Ente è amministrato dal dott. Maurizio Porcelli, al quale è stato affidato il compito di completare l'azione di risanamento dell'Ente. Delibera del 20 gennaio 2022, n. 2/32